50 000 ans avant le jeu a existé la 1ère Civilisation (dite de l’Ère précédente ou Civilisation précédente) qui était très avancée technologiquement, ce qui a causé l'apparition massive du Honkai. Ils ont mené une guerre contre lui, qui dura au moins cinq ans, mais ont finalement échoué face aux Herrschers, laissant la Terre ravagée et empoisonnée. Quelques survivants, les Pionniers, furent cryogénisés afin de rebâtir une civilisation, quand la Terre sera de nouveau viable. A terme, et à l'aide de l'héritage de la civilisation et des Pionniers, la future civilisation devra vaincre le Honkai.