Après la destruction de leur ville par les kaiju, les amis d'enfance Kafka Hibino et Mina Ashiro jurent tous deux de devenir membres des Forces de défense pour combattre ensemble les kaiju. Mina, aujourd'hui âgée de 27 ans, est depuis devenue capitaine de la troisième division des forces de défense, tandis que Kafka, aujourd'hui âgé de 32 ans, a échoué à plusieurs reprises à l'examen et travaille comme membre d'une équipe de nettoyage qui élimine les restes de kaiju après la bataille. Kafka rencontre un jeune travailleur à temps partiel dans son entreprise, Reno Ichikawa, un aspirant membre des Forces de défense, qui ravive son désir de faire partie des Forces de défense. Alors qu'ils se trouvent tous les deux seuls sur un nettoyage un énorme kaiju les attaque. Kafka et Réno se défendent comme ils peuvent mais Kafka se fait blesser. Sauvés de justesse par une patrouille, le jeune homme se réveille à l’hôpital et discute des évènements avec Réno. Cependant, un petit kaiju volant pénètre dans le corps de Kafka par la bouche et lui confère la capacité de se transformer en kaiju sous les yeux de son apprenti. Après s'être échappé des forces de défense, Kafka reçoit le nom de code « Kaiju no 8 » et décide de postuler tout en gardant secrète sa capacité. Kafka et Reno réussissent l'examen et sont intronisés dans la troisième division avec Kikoru Shinomiya, une prodige tueuse de kaiju, qui découvre la forme de kaiju de Kafka après que celui-ci l'ait sauvée d'un kaiju humanoïde.Ce kaiju humanoïde sera plus tard nommé « Kaiju no 9 », qui deviendra leur principal adversaire. Tout en combattant une attaque orchestrée par le Kaiju no 10, un daikaiju créé par le Kaiju no 9, Kafka révèle sa forme de kaiju lorsqu'il se transforme pour sauver la base de la troisième division de la destruction et est, à contrecœur, appréhendé par Mina et placé en garde à vue pour être éliminé. Pendant son emprisonnement, Kafka est testé au combat par le directeur général des forces de défense, Isao Shinomiya, qui utilise l'arme numéro 2 fabriquée à partir des restes du Kaiju no 2. Kafka survit à la bataille, prouvant qu'il peut se contrôler tout en étant transformé et évite l'élimination. Kafka est transféré, avec Kikoru, à la Première Division dirigée par le capitaine Gen Narumi où ils sont chargés d'empêcher une autre attaque planifiée par le no 9. Kafka, Kikoru et Gen réussissent à vaincre deux versions du no 9 qui se révèlent être des leurres. Le vrai no 9 attaque Isao et l'absorbe, ainsi que son arme numéro 2 ; après quoi le no 9 devient plus fort et se prépare à une invasion du Japon avec une gigantesque légion de nouveaux kaiju et tout le savoir d'Isao sur les forces anti-kaiju japonaises…
Un univers très sympa mais une histoire pas forcement originale malgré les bonnes idées et les personnages bien développer dans l'ensemble. Par contre des combats plutôt originaux.