L'histoire commence lorsque Narumi, jeune homme de 18 ans, expert en kung-fu, et souffrant de la maladie de Zonapha (maladie le forçant à faire rire les autres pour ne pas mourir étouffé) rencontre le jeune Masaru Saïga, portant une lourde valise. Celui-ci rit devant les blagues de Narumi (déguisé en ours faisant de la publicité pour un cirque) et lui sauve ainsi la vie. Mais quelques minutes plus tard, Masaru est enlevé par des étranges êtres humains qui s'avèrent être des automates. En effet, Masaru est l'héritier de l'empire Saïga, dont la fortune est estimée à 18 milliards de yens. Narumi sauve Masaru et ils s'enfuient dans un train. Cependant, le train subit une attaque d'automates et Masaru et Narumi arrivent dans le cirque où travaille Narumi. Masaru se rappelle alors d'une parole de son père : « Près de chez toi, il y a un cirque, vas-y et appelle Shirogané ». Masaru crie « Shirogané » de désespoir et voit une jeune fille aux yeux et aux cheveux couleurs argents sauter de la corde sur laquelle elle s'entrainait, parler à Masaru en lui disant « Monsieur », tirer une clef de sa poche et ouvrir la valise, révélant son contenu : une marionnette géante, faite pour le combat, qui détruit les automates. Mais, lorsque Masaru se fait enlever par son oncle, Shirogané et Narumi se précipitent pour le sauver et croisent la route d'un tueur à gages ayant déjà affronté Shirogané avant l'enlèvement de Masaru par un duel de marionnettes. Ce tueur à gages, Aishihana, leur indique là où Masaru a été enlevé. Au cours du sauvetage, Narumi disparait lors de l'effondrement de la bâtisse de son oncle.
Un début d'histoire original et sympa a suivre mais à partir d'un bouleversement après avoir mis en place l'univers et les personnages, l'histoire devient encore plus intéressante avec une intrigue exceptionnel mais l'histoire part un peu en vrille a la fin. Un système de combat ultra original qui met bien en relation le monde du cirque avec le rôle des marionnettistes. Des personnages trop bien développer surtout les personnages principaux qui ont des liens entre eux sur plusieurs générations. Seul point négatif c'est que l'univers de Karakuri Circus n'est pas assez cool bien que cette histoire veut nous le faire aimer a travers une histoire qui a permit la naissance de plusieurs gros manga actuel.